Всё началось во время рабства в Бразилии. Рабы перевозились из Африки в Португалию. Там они работали на плантациях, где сахар и табак были основными посевами и спрос на рабский труд был велик. За историю работорговли было продано около 2 миллионов рабов. Рабы были из различных регионов Африки и поэтому имели разные культуры. Невольников привозили в три основных порта - Bahia, Recife и Rio de Janeiro. В Rio и Recife были рабы из разных этнических групп, иногда и из враждоваших племён, что делало попытку их общего восстания затруднительным. Большинство рабов в Rio были из племени Bantu, в то время как, например, в Bahia преобладали уроженцы Западной Африки. Рабы начали сбегать, и организовали несколько массовых мятежей. Многие рабы убегали в горы и создавали небольшие сообщества (киломбуш). Внутри таких сообществ Капоэйра начала приобретать основные формы. Была разработана и практиковалась техника самозащиты. Рабы, которые были возвращены на плантации, учили других Капоэйре. В воскресенье у них был выходной - и в этот день они практиковали Капоэйру. Но на плантациях через некотрое время Капоэйра была изменена. Музыка, пение, танцы и ритуалы были добавлены, чтобы скрыть истинное назначение смертельного боевого искусства.
За 25 лет существования Европейских колоний в Бразилии было 11 крупных восстаний, кульминацией которых была отмена рабства 13 марта 1888 года. После отмены рабства некоторые экс-рабы возвращались в Африку, но многие остались в Бразилии. Плантаторов негры больше не интересовали, как рабочая сила, многие подались в города, и организовали там трущобы и небольшие деревни. В городах по большому счёту им нечем было заняться и многие из них содавали криминальные структуры. Другие, более удачливые и знавшие Капоэйру, были наняты политиками в качестве телохранителей. Все, кто знал Капоэйру, рассматривались правительством, как "потенциально опасные".
Основным направлением деятельности этих Капоэрист (людей, занимающихся Капоэйрой) было разрушение политической жизни страны. В 1890-х весьма влиятельные люди в правительстве занимались Капоэйрой. Это была угроза для правительства, и президент создал специальные полицейские подразделения для контроля над ситуацией. Когда эти меры не увенчались успехом, был введён жёсткий уголовный кодекс. В этом кодексе 10 пунктов были специально посвящены действиям, практике и преступлениям относительно Капоэйры. Был издан жёсткий закон, который гласил, что любой человек, знающий Капоэйру, должен быть экспатриирован. Для приведения этого закона в действие президент назначил человека по имени Sampaio Ferraz, у которого была репутация самого безжалостного шефа полиции в истории Бразилии. Его назначили, по сути, чтобы уничтожить Капоэйру. Что интересно - Sampaio был сам отличным Капоэристой и был грозой гангстеров. Подразделения Sampaio изучали Капоэйру, так что они могли могли противостоять "врагам" на равных. Не встречая серъёзного сопротивления Капоэрист, а также благодаря поддержке влиятельных людей, он смог добиться успеха миссии.
Один инцидент окончил неутомимые поиски Капоэрист. Sampaio арестовал человека по имени Juca Reiz, дворянина, за практику Капоэйры и потребовал, чтобы тот был экспатриирован. Это вызвало негодование в правительстве среди президентского кабинета министров, поскольку отец Juca был влиятельным человеком и был уважаем многими политиками. Президент срочно собрал совет, обсуждение шло 18 дней, после чего два члена кабинета министров подали в отставку и Juca был экспатриирован. После этого случая поведение Капоэрист изменилось. Но это изменение было в их пользу. Оппозиция в правительстве создала чёрную милицию, чтобы противостоять президенту. Эта милиция состояла исключитаельно из Капоэрист и они сеяли страх в столице. Полиция была бессильна против них, ситуация стала критической, поскольку Бразилия готовилась к войне с Парагваем. Чёрная милиция была послана на фронт, и вдруг бандиты стали национальными героями. Капоэйра входит в другую фазу своей истории...
Закон, запрещающий практику Капоэйры, всё ещё действовал вплоть до 1920 года, и Капоэристы из Bahia всё ещё подвергались гонениям со стороны шефа полиции Pedro de Azevello Gordilho. Он интенсивно использовал кавалерию и считался врагом № 1 Капоэйры в Bahia. Под сильным давлением по всей стране Капоэйра стала менее агрессивной и была замаскирована под "народный танец". В тайных убежищах Капоэристы делали всё возможное, чтобы сохранить свои традиции, и под видом народного искусства, сделали её более приемлимой для общества. В эти годы для Капоэристы было обычным иметь два-три прозвища. Полиция знала всех Капоэрист именно по этим прозвищам, а не по реальным именам, следовательно, их было труднее арестовать. (Эта традиция живёт и по сей день, когда люди проходят "посвящение", batizado, им дают прозвища).
